农村生活污水处理是改善农村环境的工作重点，但对于大部分农村来说，由于社会经济条件差、村庄分散、生活污水量小，处理起来比较困难，因此适宜农村地区生活污水处理的技术研究意义深远。

北京水科所在1991年开展的第一个农村污水处理项目中，即 “人工快速渗滤池处理技术”研究，并在通州区小堡村建设了示范推广工程；2009~2011年，在国家水专项课题“北运河水系上游典型污染区污染控制技术研究与示范”的支持下，开展了“厌氧折板滤池＋跌水曝气生物接触氧化技术”、“厌氧滤池＋太阳能曝气生物接触氧化技术”、“厌氧滤井＋人工湿地处理技术”等研究，并在昌平区西新城村、昌平区四家庄村、海淀区管家岭村等地建设了示范推广工程；2010~2011年，在北京市科委项目——“城乡结合部农村污水处理适用技术及运行模式研究与示范”的支持下，研究人员重点分析了“速分生化+NAR过滤污水处理技术” 的组合工艺，并在朝阳区马泉营村建设了示范推广工程。

在农村污水的技术研究之外，北京市水科所还承担了《北京市农村污水处理集约化规划》、《昌平区新农村污水处理规划》、《北京市农村污水处理工程评估》等前期咨询工作。